补贴方式也进行了调整，在12月2日召开的“金太阳示范工程及太阳能光电建筑应用示范工程工作会议”上，财政部副部长张少春强调了“分类直补”的补贴方式，中央财政对关键设备按中标协议价格给予50％补贴，其他安装等费用按不同项目类型分别按4元/瓦和6元/瓦给予定额补贴。
这次会议还公布了包括北京亦庄经济开发区、上海张江高新区、天津中新生态城、深圳高新区等在内的首批13个光伏发电集中应用示范区名单。同时强调要加快集中连片示范，把开发区和工业园区作为国内扩大光伏发电应用的重点。
过去，“金太阳”示范项目的补贴资金先从中央财政下拨到省、市、县级财政，然后由县级财政划拨给业主，最后由业主把一部分补贴分给中标企业。
“集中招标的方式比之前的合理性有所提高。”一位参与示范工程项目监管的业内人士称，“但补贴方式没有根本转变，仍然是补前端，没有解决装好的设备是否上网发电的问题，也同样面临补贴下去后对投资的监管问题，只是监管从投资方转移到了设备供应方。”如果光伏组件厂商不能按时供货或者以次充好，该如何监管？
国际上通行的补贴方式有两种，一是从末端补贴，即补贴上网电价，德国等欧洲国家采用得较多，以全年电价附加补贴的方式定价，二是一次性投资补贴，即装机补贴。目前纯粹的装机补贴已不多见，日本、美国等多采取混合补贴方式。金太阳工程采取的即是后者。
“财政补贴属于无偿拨款，用来补贴装机投资，非常错误。”上述业内监管人士表示，“搞新能源发电，最后要的是发电量，不是装机规模。应根据企业实际发的电量给予补贴，否则只是人为增加监管难度和成本。”
赛维LDK有关人士也指出，分类直补的方式让组件供应商直接受惠，但考虑到“301”调查，这种做法比较容易落人口实，被人指责违反WTO的规则。
孟宪淦也认为补贴上网电价更为合理，太阳能电站的运行时间往往长达25年之久，也许前20年赔钱，后5年才盈利，这会逼着企业好好运营下去，如果仅一次性补贴，企业没有太大经营压力，遇到阻力工程或许会半途而废。
前述赛维LDK人士指出，“金太阳”示范项目属于用户侧并网，并网电价参照当地的火电脱硫电价，平均仅为大约每千瓦时0.3元-0.4元，按这个价格并网，业主单位是亏损的。所以，如果能对补贴方式进行调整，能够补贴并网发电量的话，可能更有利于提高企业投资建设的积极性，也会推动国内太阳能发电行业发展。
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