多晶硅工艺提高后，完全能够实现清洁生产。产业发展初期，生产规模小，副产物处理技术不完善，部分副产四氯化硅通过水解及贮存等简单的处理方式，给行业带来负面影响。
伴随产业规模扩大，简单的副产物处理方式已不能适应大规模生产需要，为降低生产成本，实现安全环保生产，以中硅高科为代表的企业深入研究四氯化硅氢化技术，将其转化为原料三氯氢硅，实现了多晶硅生产系统的闭路循环，以此降低多晶硅生产成本。
舆论误导 2007年，中国首次成为世界第一光伏产品生产大国，当年多晶硅产量1130吨，突破千吨大关，中硅高科当年产量506吨，约占全国50%，列首位，成为业内外关注焦点。
2007年8月，国内某期刊发表《太阳能产业真相》，2008年3月9日，美国某知名媒体援引该文的主要观点，发表题为《中国太阳能生产厂家将工业垃圾倾倒在厂后》的报道，大肆渲染中硅高科300吨生产线调试过程中的一次偶发阀门泄漏事件，引发不了解多晶硅行业内情的相关人士的误解，“声讨多晶硅”之声不绝于耳。此报道到目前仍成为证明多晶硅污染的“依据”之一。
针对此报道，国家环保部曾多次、随机地到现场调查，当地环保部门也进行了长达2周的现场突击检测，最终得出“中硅高科‘三废’全部达标排放”的重要结论。2009年，中硅高科获得国家“环境保护突出贡献奖”，2010年获“全国环保优秀品牌企业”。
严格的核查及客观的结论，已经为中国多晶硅企业正名，正是在此基础上，2012年“多晶硅节能环保新技术、装备及产业化”荣获国家科技进步二等奖，这一目前行业最高奖项，成为行业发展的标志性事件。
多晶硅副产物的处理措施 有关多晶硅污染的报道，主要集中在四氯化硅的处理上。美国媒体发出“四氯化硅倒在地里会寸草不生”的言论。可实际上，四氯化硅既是多晶硅生产的主要副产物，也是多晶硅生产原料的主要来源之一。近几年，随着四氯化硅冷氢化等技术研发与推广，实现了将多晶硅生产过程中产生的95%的副产物四氯化硅氢化转化为三氯氢硅原料，剩余约5%含杂质四氯化硅经提纯后用于生产气相白炭黑或其他有机硅产品，真正做到物料闭式循环利用，既有效解决了副产物处理难题，也降低了生产成本，消除了四氯化硅的污染隐患。
多晶硅“三废”处理措施 事实上，多晶硅生产的“三废”成分简单，处理容易。多晶硅还原尾气主要含有氢气、氯化氢、三氯氢硅、四氯化硅等成分;废水为废气淋洗水、纯水制备排水等， 含盐酸，呈酸性;废渣为硅粉、二氧化硅、石灰石渣等，无害、不溶，属一般固体废物。
通过用水或碱性水对废气进行淋洗，利用氯硅烷极易水解和酸碱中和的原理，将废气中的主要成分水解成二氧化硅和盐酸，盐酸与碱反应形成中性水，进一步处理后达标排放;二氧化硅通过压滤固化后运至政府指定垃圾场或填坑铺路。
氢化技术取得突破是形成多晶硅生产过程物料封闭循环的基础，现在国内大部分千吨级规模的工厂都有“尾气干法回收”系统，环境影响评价和监测系统完善，不存在“高排放”。
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