国家电监会近日发布的一份有关节能减排的报告也称，随着风电、太阳能发电机组的迅猛发展，可再生能源电价附加所收取的资金远远难以满足补贴需求，缺口越来越大，入不敷出，截止2011年底，资金缺口达110亿元，且补贴支付滞后。
据民生证券电力设备新能源首席分析师王海生测算，2012年全年预计用电4.5万亿度，按照8厘/千瓦时征收标准，可收可再生能源附加约为300亿元。2012年，风电发电量大约为1000亿度，需补贴部分约为200亿元；光伏上网电价项目估计发电30亿度，需补贴20亿元；生物质发电补贴需要补贴80亿元，总计约300亿元。
这也就意味着，这部分资金仅够维持当年的支出。但显而易见的是，对于一个发电周期为25年的光伏电站而言，除了要维持当年的增量补贴支出外，还需要保证上一年以及更早的存量资金需求。因此，在每年的全社会用电量无大变化的情况下，资金缺口将会越来越大。
国务院研究室综合司副司长范必认为，针对补贴资金缺口的问题，应该通过调整现有政策来充分挖掘其潜力，比如财政资金应从补贴装机改为补贴发电量；各类补贴资金应从补贴发电端改为补贴分布式光伏发电用户端。在资金使用上，应通过招标竞争降低光伏补贴成本，从而用尽可能少的资金补贴尽可能多的电量产出。
除了资金缺口外，另外的争议则来自于补贴资金实际发挥的效果。在一些人士看来，由于对金太阳示范工程等采取的是按初装费补贴的方式，其不可避免的会出现部分企业骗补以及电站的发电量无法保证等问题。
国家应对气候变化战略研究和国际合作中心主任李俊峰认为，如果新推出的一些项目还按照金太阳工程的补贴方式，将会遇到补贴资金需求过大以及电站质量无法保证等问题。因此，需要更改为按度电补贴的方式，以便最大限度地发挥资金的效果。
管理层显然也注意到了这种弊端，统一按度电补贴可能已是大势所趋。最近有媒体报道称，分布式光伏发电补贴标准经过多轮讨论后，现在方案已基本成形，补贴方式将与地面电站相同，即以发电量为标准进行补贴。
不过，根据现有数据测算可以发现，对于同样规模的电站，如果按照度电补贴模式，位于西部的地面电站所需要的资金，要远远超过金太阳工程项目，这反过来可能会进一步增加对补贴资金的需求。
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