四氯化矽危害大
2008 年华盛顿邮报就曾报导位於河南省的某多晶矽企业，不愿意投资回收设备，而是将四氯化矽随意倾倒於邻近土地上，使该地区的农地无法种植作物，并让附近居民的健康受到危害，报导指出这一家公司并非唯一一家这麽做的公司。
报导一发表，马上引起大众的激烈的反弹，也让太阳能产业所标榜的「乾净能源」形象蒙上一层灰，为了保护产业的声誉，太阳能电池的生产商开始要求多晶矽供应商要做到环境保护责任，2011 年中国也制定法规，规范供应商回收的四氯化矽至少要达到 98.5%，之後情况逐渐改善。未来这些问题有望完全消失，因为美国国家可再生能源实验室（National Renewable Energy Laboratory）正寻找以乙醇代替氯基化合物的方法，以避免产生四氯化矽。
锯切打磨清洗，需强腐蚀性物质帮忙
但污染并非只到多晶矽就停止，从多晶矽到真正的太阳能电池还需要透过长晶炉生成晶棒，再切割成晶圆或晶片，这些过程都需要危险的化学物质来处理，例如制造商需要用氢氟酸（hydrofluoric acid）来清洗晶圆，除去因锯切所受到的伤害，或是磨平晶圆表面，以增加聚光能力。但氢氟酸是一种具有强烈腐蚀性的物质，就如武侠小说中的「化骨水」，若接触到未受保护的工人，会破坏人体组织并侵蚀骨头，因此必须妥善处理。
氢氟酸污染问题也层出不穷，例如 2011 年 8 月才刚评选为「2011 清洁科技驱动者」的浙江晶科能源，却被抓到排放氢氟酸到附近的一条小河，导致河中出现大量死鱼，旁边的猪圈也遭殃，因为农民引河水帮牠们洗澡，结果大批猪只中毒而死；结果暴怒的居民冲进工厂并占领抗争，同时在新闻报导播出的第二天，晶科的股价下跌超过 40％，市值蒸发近 1 亿美元。
但这个威胁也有机会解决，罗门哈斯电子材料（Rohm & Haas Electronic Materials）已确认能用氢氧化纳取代氢氟酸，氢氧化纳虽然也具有腐蚀性，但较容易处理，对操作者而言危险性也较低。
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