一些企业表示，未完工的主要原因是项目申报时间不足从而导致准备不足，他们接到可以申请的通知的时间，距报名截止的时间只有一个多月，时间仓促导致一些项目没做好前期的可行性研究和规划，就冒失地进入了金太阳示范工程的名单。“比如，我们没有时间对屋顶资源进行研究。项目批下来后，发现屋顶要加固，而加固的费用远远超过之前的预期，导致资金无法到位，投资就放弃了。”一位企业负责人说。
“投资人本以为发电能够自发自用，但前期没有做好规划，接入电网后，发现企业白天不需要光伏电站供电，反而是晚上需要，但光伏发电目前全部都是即发即用，最终项目被彻底颠覆了。”一位业内人士说。
还有企业表示，许多未能按时完工的项目都是被审批所延误。“做一个金太阳示范工程项目，需要跑三五十个审批，盖几十个章，安全评估、环境评估、设计图修改等等手续都需要跑部门；等手续全了，还要跑项目核准开工的路条；完工后还需要办并网的手续，光这一个手续就需要三四十天。有时候，跑完开工前端的手续，大半年过去了！”一位光伏企业负责人说。
另外，一些项目虽已完工但并不急于并网。据业内人士介绍，金太阳示范工程的项目大多为自发自用，再加上并网需要与国家电网对接、沟通，手续复杂，各个环节没有打通，因而企业也没有并网的积极性。
2012年10月26日，国家电网公司发布《关于做好分布式光伏发电并网服务工作的意见》，正式启动对分布式光伏电站的并网服务。但一些金太阳示范工程的投资业主表示，对国家电网的政策能否落实半信半疑，所以并没有立即行动，直到今年5月财政部的清算通知下发，才开始紧张起来。“我们正在抓紧时间争取把可以保住的项目提前保住。”一位光伏组件公司的电站项目负责人告诉记者，“如果前期能沟通好，并网一事，按部就班也很快，半个月时间电力部门就能检查、验收和并网。”
清算是不是突然袭击？
对于此次清算，许多金太阳示范工程项目的业主公司负责人觉得，这是一次突然袭击。
“之前你没有透露任何消息说要并网，现在时间特别紧，4月底我们接到通知，6月30日完工，来得及吗？”某公司负责人说，“我们正在争取和他们(财政部门)沟通商议。第一，能否对部分金太阳项目进行延期，给予我们充裕一点的时间来完工并网；第二，区别对待，比如完工但没有并网，或是完工没有达到要求的项目，是不是可以采取另一种办法，而不是一刀切地收回补贴资金。”
但是，一位光伏行业组织负责人告诉记者，“这个文件出台看起来突然，实际上不是。”据其介绍，财政部对金太阳示范工程项目进行清理并不是第一次。2009年至今，财政部每年都会清退一些工程建设不力的项目。2010年，就有29个项目被取消，包括洛阳尚德太阳能电力有限公司的洛阳师范学院项目，碧辟普瑞太阳能公司的大明宫项目等，总规模达54兆瓦，占当时金太阳示范工程项目装机规模的10%。
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