接近财政部的人士称，金太阳工程在批复时已告知业主，“建设周期原则上不超过一年”。此轮被收回补贴的项目，虽然目前大多数已经完工，但都属于“延期完工”，因此“收回补贴是有道理的”。
“这不是结束，只是一个由不太合理的政策，转向另外一个更合理的政策。此次被追缴补贴资金的企业不用太悲观，将来这些企业工程建成并网后，仍可用终端电价补贴的方式收回成本。”上述人士认为，“但如果当初企业为了降成本采用了劣质设备，导致转化率低、发电量少，这个企业必然会蒙受损失。”
显然，财政部希望通过117号文，实现初投资补贴向度电补贴的过渡。但对于产业链上的每一环来说，这种改变是不可接受的。这不仅意味着每一环的获利模式被打破，更意味着每个人都必须先行垫付变革带来的成本。
秦海岩认为：“如果我们没有做金太阳，国内屋顶光伏市场可能现在还是一片荒漠，金太阳也为分布式能源的发展积累了经验。金太阳工程还是有很重要的历史贡献，不应全盘否定。”
孟宪淦认为，“初投资补贴，确实不是一无是处，关键在监管。监管到位，照样发挥作用”，“鉴衡是第三方认证机构，只有验收的权力，没有后期监管的权力，后期监管谁来做，不知道。”
孟宪淦表示，一旦初投资补贴的刺激作用得到了体现，就应该转向度电补贴，而不是拖到现在。但多位业内人士分析称，此次财政部釜底抽薪，动力只是出于对财政补贴资金是否物尽其用表示怀疑。
多位受访人士直言不讳，“财政部管理能源项目的水平有待提高，如果超过八成的项目无法按期完工，就是制度设计有问题了。”
这近八成的项目中，除了少部分业主故意拖延工期套取国家补贴资金外，大部分业主均称工期延误并非故意，而是有着客观原因。
譬如，金太阳工程在实施过程中确有难度，开发商与屋顶业主谈判过程艰难，因此造成了工期延误。这也从另一个侧面反映了制度设计的缺陷。
山东一位金太阳业主称，在申报金太阳工程时，开发商通常会与屋顶所有者达成意向性协议。不过随着时间推移，情况会发生各种变化。使用金太阳工程所发电和从电网买电，之间会有度电0.6元至1元的差价，这是开发商和屋顶业主共享的利益，如何分配，双方往往僵持不下。
更可能出现的情况是，原先同意合作的屋顶业主态度突然发生转变。“领导一换人，情况就变了。”秦海岩说，有些屋顶所有者是国有企业，节约的电费有限，国企根本不在乎。“在我的屋顶上折腾，对我没好处，我还得担责任，何必呢？”
2012年，宝钢集团利用厂房屋顶开建50兆瓦金太阳项目。其中一期项目5.6兆瓦，仅用了51天就并网发电，但过程并不容易。“领导很支持，即便如此，因为要建在车间厂房的屋顶上，项目部甚至要到车间厂房喝酒公关。”一知情人士透露。
另外，部分工业厂房结构会被业主自行改变，导致工程质量不合格的情况也不鲜见。签订初步意向时，开发商对照厂房的设计图纸并不能发现这些问题。而真正开展前期工作时，问题暴露，只能放弃。
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