彼时，中国光伏行业的问题是“三头在外”——原料在外、市场在外、设备在外，光伏的国内市场“约等于零”。受国际金融危机影响，出口形势已急转直下。鉴衡中心主任秦海岩称，2009年所面临的问题是“必须启动国内光伏市场”。
但金太阳工程的实施过程中，行贿、骗补、工程延期、质量低劣等社会传闻不断，使得这个政策面临被决策者否定的尴尬。
记者获悉，国家审计署已将金太阳工程列入重点审计范围，清查财政补贴资金是否有违规问题。
在更高决策层的关注和审计署高压下，财政部决定，将所有金太阳工程的财政补助资金进行清算。
金太阳工程的一大特点，是“初投资补贴”，即用财政收入直接补贴工程建设。与其对应的是“度电补贴”，即根据电站建成后的发电量进行补贴，目前为绝大多数国家所采用。初投资补贴鼓励投资者压低电站成本造价，度电补贴则要求投资者通过提升电站质量来获利。
“做了很大努力，但无论怎么补bug，打补丁，都发现不行。”参与政策制定的一位官员认为，“这种财政资金直接补贴产业链前端的设计，从根子上就是错误的。”
在初投资补贴模式设计下，从项目审批，到补贴发放再到后期监管，任何一个环节都有可能出现财政资金流失和浪费的漏洞。
这其中，项目评审是分食链条中的第一环。
“只有30%至40%的申报项目可以获得批准。”一位熟悉内情的光伏组件商告诉记者。为了对众多申报项目进行事先甄别，财政部和国家能源局从其专家库中抽取相关专家，由鉴衡中心牵头组织评审团，对申报项目进行遴选。
“竞争激烈，评审时通通关系就很正常。”一位熟悉内情的金太阳工程业主直言，“这项示范工程并没有明确的标准，凭什么就批给你？难道是比谁的可研报告写得好吗？”
另一金太阳工程业主称，他和一些同行在提交评审材料后都接到了“神秘中间人”的电话，询问“需不需要帮你们跑一下”。所谓跑一下，“我个人理解就是指导业主如何送钱”。该业主还猜测，这些“神秘中间人”可能是“某些有话语权人物的身边人”。
一位接近评审组的能源专家也向记者透露，每年评审组成立后，希望涉足金太阳项目的民营业主加紧向他们“公关”。他称自己拒绝了所有“炮弹”，但拒绝对评审组其他成员作出评价。
对评审团可能存在腐败的指控，鉴衡中心主任秦海岩予以否认：专家组没有收过钱。企业有可能交钱了，也有可能被列入名单了，但是它给中间人交钱与拿到项目没有关系。“他们是被骗了”，他强调。
项目通过专家组评审后，财政部的补贴款就会直接拨至项目所在地的市财政局，该局会为业主单位开设一个银行账号，将70%的补贴款（2012年第二批项目改为35%补贴款）汇至该账号内并封存。待业主单位提交核准文件、安评环评报告、项目批文等文件，证明项目已具备开工条件后，该局将与银行会签解冻账户，企业可自由使用其中资金，用以购买光伏组件和逆变器设备等。
在此环节上，组件商亦可巧妙得到超额利润。
“金太阳救了我的命。”一家国内光伏组件商的负责人介绍，其公司曾因欧美双反，产品滞销。2011年，该组件商转而申请成为金太阳工程项目的业主，项目全部采用自己生产的组件，不仅全部消纳了库存，尘封多时的生产线也得以重新启动，陆续又生产了20兆瓦的组件。
据记者统计，财政部2010年以来批复的金太阳项目中，至少有四分之一的项目业主是光伏组件商。为应对欧盟双反，财政部2012年集中批复了4000兆瓦的金太阳项目，是此前三年批复总量的4倍。这成了国内组件商消化库存的一个重要渠道。
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