美国等国家的乙醇生产原料主要是玉米，种植玉米需要化肥、农药和水，化肥和农药的生产都是重污染化工行业，灌溉用水需要电，而电能主要来自煤炭。可见，燃料乙醇的生产过程的污染被一些人给忽视了。
另外，生产玉米用的化肥、农机等也要消耗能源，再加上蒸馏法提取乙醇需要天然气或煤炭供热，这就导致燃料乙醇的生产过程就是耗能、污染过程。美国康奈尔大学教授戴维·皮门特尔的一项研究表明，每生产一加仑乙醇需用21磅（约9.5公斤）玉米．而种植2l磅玉米则需耗费半加仑化石燃料。如果再加上由玉米生产乙醇的工业过程，制造一加仑乙醇所耗费的能量，超过了它燃烧时产生的能量。美国生物科学学会的一份研究报告也显示，用玉米生产的乙醇所能产生的能量，仅比生产玉米乙醇所需的能量多出10%。可见，燃料乙醇虽然被当作可再生能源推广，但它本质上还是一种化石燃料，而且效率极低，几乎等于零。换句话说，生产可驱动汽车行驶100公里的燃料乙醇，所消耗的化石能源就可以驱动汽车行驶100公里。
这些年来，燃料乙醇生产过热导致玉米需求大增，拉动了玉米价格上涨。农民见玉米涨价，自然要扩大玉米种植面积，减少其他农作物的种植面积，这又导致其他农作物供给减少，价格上涨。可见，这几年全球粮食价格暴涨，与鼓励使用燃料乙醇有一定的关联性。可以这样认为，使用燃料乙醇打乱了世界农产品市场的供需平衡，加大了居民的食品支出费用，对不富裕的居民来说，这会导致他们生活质量下降。现在世界上还有很多人挨饿，用食粮生产燃料，这似乎在道德上也说不过去。
还有一个不可忽视的问题是，大面积种植玉米要使用大量地下水，导致土壤中的含水量下降，这会引发生态灾难。2008年1月23日，联合国粮农组织专家警告，世界急于开发和使用生物燃料，造成玉米和其他粮食作物价格上涨，可能造成水源短缺的状况进一步恶化，并可导致贫困人群失去他们赖以生存的土地。
美国福特公司1908年生产的可使用燃烧汽油、乙醇或汽油与乙醇的混合燃料的汽车
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