台湾太阳能产业垂直整合度仍不足，近年来在不景气时便面临出海口受阻困境，由于不景气期间更必须依赖垂直整合较佳、订单掌握度好的大陆厂委外订单，太阳能业者指出，为长期营运考量，构建有效出海口成为台系业者当务之急，必须强化与国际厂紧密合作，部分台厂更指出，正规划启动虚拟工厂与下游策略联盟整合，以确保扩大出海口。
台湾太阳光电产业供应链主要以太阳能矽晶圆及电池为主，其余环节受到诸多因素影响，目前仍无法有效弹性因应矽晶圆及电池厂所需，太阳能业者表示，供应链结构不均匀，导致竞争力不佳，在景气好时，必须为上游多晶矽料源涨价及缺料所苦，不景气时又得为无法有效掌握终端需求动态及不知订单何处找所苦。
太阳能业者表示，为弥补台湾太阳光电产业垂直整合完整度不足问题，业者积极透过策略联盟方式来增加竞争力，例如台湾矽晶圆厂纷与南韩OCI及其他国际厂包括Hemlock、Wacker、MEMC、REC等签约，且合约不再只是过去单纯的买卖关系，而是必须跟着环境变动作调整，以利一起壮大提升竞争力，尤其MEMC跨足系统端，亦与台系电池厂有更深合作。
另外，台系电池厂亦与大陆GCL、LDK有紧密关系，尤其与GCL合作不断放大中，主要是GCL在系统端也有相当深耕耘，与台系电池厂共寻出海口是重要策略之一。太阳能业者指出，大陆拥有相对完整的垂直整合供应链，其为全球最大模组供应链，且主导价格走势，2011年在大陆政府支持下，大力跨足全球系统领域，出海口掌控度佳，台湾在不景气时有相当大产能利用率是依赖大陆委外订单来支撑，但赔本接单情况亦大有人在。
目前大陆仍有相当大比例多晶矽依赖进口，但自给自足比例快速增加中，且大陆厂不以境内自给为目标，而是以全球市场为主要舞台，让欧、美、日系多晶矽厂感到威胁。
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