就在该《办法》尚在酝酿之时，三部委就曾与全国人大讨论过补贴资金不够用的问题。按照约定，“可再生能源发展专项资金由中央财政从年度公共预算中予以安排”，但至于当可再生能源发展基金不够补贴当年的新能源发电企业时，是否由财政部出钱补充，并没有定论。
不过，《办法》新规定，国家对新能源发电企业补贴资金的使用权从国家发改委价格司转交至财政部。据了解，权力转交后，国家发改委、国家能源局曾与财政部商议，能否从国家财政中拿出一部分资金，来填补此前留下的补贴漏洞，但财政部没有同意。
目前，几部委正在对全国应该拿到补贴的企业进行摸底统计。国家能源局官员说，“要搞清楚，到底欠多少补贴，应该发多少，有多少家企业没有拿到补贴。”
在上述《办法》出台以前，国家发改委一直是委托电网公司代收电价附加，这笔钱由电网企业代收，单独记账。根据可再生能源发电企业每月上报的发电量、上网电价，国家发改委、电监会给省里下发配额单，电网企业按照配额单的指示再将补贴发给新能源企业。有关部门对资金监管、资金使用和发放的各个环节并不能做到完全掌握和有效监督。
事实上，即便是到目前为止，有关部门也从没有公布过这项对普通居民已经连续征收7年的电价附加的收支情况。
中国可再生能源学会理事长孟宪淦表示，这里面可能出现的问题就是，电网企业少报发电量，因为钱都是在电网企业的，中央都是按照上报的数目进行调配，这样有关环节就能私自扣下一笔钱。孟宪淦提到的这一“可能”，也是行业内关于补贴不到位的一种普遍猜测。
为了使未来补贴下发的流程更透明可控，国家发改委和财政部正在试图建立一个项目库，在此前下了两批文件进行全国摸底，确认进入补贴范围的新能源项目，这项工作仍在进行中。据国家能源局官员介绍，制度完善后，财政部未来将会把资金拨至地方财政，再通过电网企业转给新能源企业。
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