对于后者，报告特别提出改革应首先逐步取消竞争性领域价格与投资审批，对于自然垄断性企业，建议改组成真正意义上的商业企业。
具体的，报告建议目前的国家能源委仍作为统筹能源政策与外教、科技、国土、环境等政策的机构，其办公室保留在发改委；价格、投资审批权保留在发改委，跟随市场化改革及监管制度的建设进程，逐渐变行政审批为现代监管的方式；同时将能源局、水利部、工信部、财政部、科技部、商务部等部门的能源政策职能并入能源部；电监会、能源局、商务部和水利部的部分监管职能并入能源监管局；环境、安全、质量等社会性监管格局不变。
对于此方案，厦门大学能源经济研究中心主任林伯强表示，能源部如果不拥有价格、投资审批权将很难树立其在能源行业的权威和话语权，更难具有执行力。
持此观点的还有杨名舟，他在其撰文中也明确表示，如果还是延续现存体制，不转变政府职能，不改变行权方式，则等同虚设，不如不设。
不过，从该报告的方案来看，由于不触及价格和投资审批等敏感环节，相对于其他的方案建议，其组建的阻力相对较小。
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