事实上，在2009年底宣布成立基金之初，国家发改委和能源局就启动了可再生能源基金管理办法的起草工作。但2010年基金管理办法做出来后，在基金到底应该支持可再生能源研发、应用还是制造等方面，意见并未统一，事情就此被搁置。
按照能源局的思路，基金征收管理办法由财政部牵头制定，而基金的使用管理办法由能源局牵头，会同国家发展改革委和财政部制定。
“实际上就是财政部负责收钱，发改委、能源局负责花钱。”一位接近能源局的内部人士如此解释。
从财政部文件最终的命名“征收使用管理暂行办法”中不难看出，能源局的这一建议并未得到财政部采纳。未来如何监督、拨付该基金，特别是基金使用和拨付的决策权，仍是悬念。
百花齐放还是一家独鸣？
事实上，除了争权之外，在新能源发展思路上，主管新能源发展的财政部、国家发改委和能源局都在用自己的方式诠释对发展新能源的理解。
这在过去三年中国“百花齐放”的新能源政策中能找到印证。
2009年哥本哈根气候大会之后，各部门对新能源的理解开始逐渐分化，这在太阳能政策上体现得最为明显。
以为太阳能屋顶和光伏建筑建设提供百亿补贴的“金太阳示范工程”为例，这一政策的推动和主导者是财政部，采取的补贴方式是对纳入金太阳示范工程的项目都给予总投资50%的直接补助。这种模式虽迅速提高了企业积极性，然而由于项目建成后发电效果难以掌控和管理，“骗补”现象层出不穷(具体参见本报2010年3月24日《扭曲的“金太阳”工程》)。
与“金太阳示范工程”同步的是光伏并网发电特许权招标项目。国家能源局针对的不再是城市建筑，而是大型荒漠光伏电站。
与财政部简单的直接补贴模式不同的是，国家能源局是竞争机制的坚定执行者。能源局认为，在效益相同的条件下，哪家企业要求的补贴资金较少就授予哪家投资开发，这能使有限的补贴发挥更大作用。这种竞争招标模式能迅速降低新能源成本，但让新能源企业的利益直接受损，因此被企业广为诟病。
2011年8月，国家发改委又出台了全国统一的1.15元/度或1元/度的光伏上网固定电价。这种模式由于给了光伏开发商确定了价格激励，备受企业拥护，中国西北就此出现光伏电站“大跃进”之景。此种抛弃市场机制的人为制定电价，弊端在于难以保证项目开发成本最低。
上述三种模式几乎代表了当今国际上几大主流的新能源政策取向。2011年11月，作为招标竞争模式的支持者，国家能源副局长王骏发表了《新能源发展探讨》一文，该文严厉批评了直接补贴和固定电价两种政策，称固定电价模式“会收到适得其反的效果”。
但这并不影响各部委的思路。“至少目前看来，他们谁也无法说服谁。”一位在能源系统长期工作的官员说。
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