对于居民分布式光伏发电，尽管国家已有明确的补贴政策，不少地方政府也出台了各自的补贴政策，然而这些补贴政策在实际执行的过程中常常由于部门协调不畅、手续繁杂、监管不力等原因，执行难以到位。
例如居民在领取发电补贴和售电收入时，电网企业要求应到税务局开相应的发票，而按照国家税务局的规定，只有注册公司或个体户才可以开发票;根据工商局的规定，要想成为能够售电的公司或个体户，必须要有供电业务许可证，而是能源局要求，供电业务许可证是不能发给居民个人的。由此分布式光伏发电的居民要拿到相关发票并取得收入，就陷入了一个事实上的死循环。
虽然上述问题最终由国家税务总局刚刚出台的“居民并网卖电发票由电网代开”的规定而得到解决，但仍存在光伏补贴和上网电费被扣税的问题。目前电网支付给居民的发电补贴和售电收入，均被扣除了17%的增值税。而根据税务总局的《关于中央财政补贴有关问题的公告》(国税[2013]3号)中“纳税人取得中央财政补贴不属于增值税应税收入，不征收增值税”以及财政部的《关于光伏发电增值税政策的通知》中“对纳税人销售自产的利用太阳能生产的电力产品，实行增值税即征即退50%的政策”等规定，居民分布式光伏发电所得的补贴应该不交增值税，售电收入则交纳8.5%的增值税。地方电网公司对此的解释是，财政部在向电网转付补贴，已经扣除了17%的增值税。本来居民分布式光伏项目的经济性就相对比较差，相关补贴和税收政策的执行不到位更进一步打击了用户的积极性。
此外，一些地方或者是积极性不够，迟迟难以颁布鼓励分布式光伏发电的地方配套文件，或者是相关政策出台过于随意，政策稳定性差、选择性过强(如过于强调使用本地产品、过于注重规模或大企业)，也不利于当地光伏市场的健康发展。
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