政策法规尚待完善
为鼓励光伏、风电的发展，新疆政府出台和制定了相关政策和措施，导致大量企业涌入新疆，行业竞争热化。在此背景下，各县、市、地区及新疆生产建设兵团各师、团在引进企业过程中，明目多样。比如，按照项目一般建设流程，在取得相关文件的核准之后，才能开工建设。但是，地方政府盲目追求GDP，催促企业在不完全具备条件下入场施工。这对企业而言，大大的增加了项目投资的风险性。既有可能导致电厂建成难以并网，致使大批资金压制，影响公司整体运营，又有可能承担着其它的风险。
另一方面，政府补贴资金不到位。据国家能源局统计，截至2014年年底，全国可再生能源补贴资金缺口累计已超过140亿元。一般而言，从电厂开始并网发电到审批上报，从审批结束到补贴发放时间，需花一年半的时间。在资金压力与利息成本上，加之融资渠道结构单一，这种滞后性给投资者带来巨大的挑战。从而增加企业的经营压力，使部分企业陷于进退两难的尴尬境地。
开发规划缺乏协调
目前，新疆政府、国网新疆电力公司都在编制开发规划，其开发规模、布局、时序等方面存在较大差异。地方政府依照当地风能资源情况确定开发规模和建设时序，未考虑电力系统的电源结构、消纳市场、电网输电能力等因素。同时，地方政府和电网企业之间就规划目标缺乏统一协调，造成风电开发规划与其他电源的建设规划、电网规划相互脱节，不能协调兼顾，也很大程度上影响合理有序开发和并网发电。比如，就风电而言，目前实行的5万千瓦风电项目由省（市）审批的规定，造成许多大风场被人为地割裂，致使一些设施重复建设，投资严重浪费。
部分地区窝电严重
由于风电开发在短期内对拉动地方就业和增加税收作用不大，一些地方政府盲目以影响环境为由，有的以“资源换市场、市场促发展”的办法，要求风电、光伏企业必须使用当地的设备或在当地建厂制造设备，有的强制增加附带项目，增大了开发的难度。
投融渠道结构单一
从新疆风电、光伏产业的整个发展过程来看，其投资多是政府主导或具有政府背景的企业来主导的。从长期角度来看，不利于行业发展。在2015年1月，呼吁成立的“新疆能源开发政策性银行”尚未进入实际操作层面。同时，新疆尚未全面推行特许权经营制，这与新疆清洁能源大省的地位极不相符，融资短板已成为新疆清洁能源发展的重要障碍。
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