产权制度有障碍。根据中国产权登记制度，屋顶电站产权属于屋顶业主，由于中国房屋产权非永久，而且极为复杂，难以协调，让屋顶业主无法规避回本周期近20年的光伏电站
按照中国现有产权登记制度，屋顶分布式光伏电站的产权均属于屋顶业主，只有拥有土地证的建筑和工业设施才能拥有完整的产权登记。由于房屋产权并非永久，很多投资者和房主对于动辄需要近20年才能收回成本的分布式光伏投资带有疑虑。 国内第一批分布式光伏发电应用示范区中最大的项目——中关村海淀园178兆瓦分布式光伏电站项目就是由于屋顶产权极为复杂，难以协调，导致项目获批后至今尚未动工。
北京光伏发电"第一人"任凯，在建屋顶电站时，由于是联排别墅而非独栋，物业和邻居对"改造"屋顶不太认同。最后，任凯通过与物业、邻居协商并达成一致，同意更改设计方案，并因此多支出了1万元。而"上海家庭屋顶电站并网发电第一人"党纪虎也同样遭遇产权问题，只能在楼道逐家登门，来说服业主签名同意其申请安装。因为多层住户涉及到公用面积的屋顶，还需要取得所在楼道全体业主的同意，必须要拿到楼道居民的签名同意书后才能申请。
发电可能免费送物业。在物业负责用电统一调度的小区，个人光伏电站用户并网后，多余的电量不能并网出售，而是直接归物业所有，很难拿到补贴和电费
2014年9月4日，国家能源局印发《关于进一步落实分布式光伏发电有关政策的通知》，明确在项目备案时也可选择"全额上网"模式。但对于高压自管小区而言，别墅业主们要做屋顶电站"生意"不容易。高压自管小区是指居民用电的一种高压自管的方式。它将整个小区看做一个自管户，小区居民将电费交给物业公司，物业公司负责对本小区用电进行统一调度。
高压自管小区用户在建立个人光伏电站时，如果选择自发自用的模式，那么余电不能上网卖给电力公司。用不完的电量直接上传到物业，再被其他用户消纳掉。至于是否收费，收费标准如何，都要用户与物业协商。高压自管小区建立个人光伏电站用户，如果申请并网，多余的电量是上传到物业，直接归物业所有，相当于"免费送给物业了"。
退税部分拿不到。2013年10月，财政部要求在2015年12月31日前对光伏发电实行增值税即征即退50%的政策，但上海等地的光伏发电用户都表示没有享受此项优惠
2013年9月29日，财政部网站发出通知，为鼓励利用太阳能发电，促进相关产业健康发展，根据国务院批示精神，自2013年10月1日至2015年12月31日，对纳税人销售自产的利用太阳能生产的电力产品，实行增值税即征即退50%的政策，即将增值税减半至8. 5%征收。光伏电站实行即征即退50%的增值税优惠，相当于上网电价增加0.02-0.04元/度，电站收益率将上升1%-2%，将直接利好个人光伏电站运营。北京光伏发电第一人任凯在2014年12月接受《法治周末》采访时称，他至今都没有享受到这个优惠。上海分布式电源并网的首位用户党纪虎也表示，自己没有享受到这一优惠政策。
长期回报率低。以北京光伏发电"第一人"任凯为例，光伏电站的建设成本4万元，在不考虑维修费用以及折旧的情况下，按照每千瓦时0.84的电价及补贴计算，也要20年才能收回成本，而光伏电站最多使用25年
投资回报期长和回报率低，制约着家庭光伏电站的推广，家庭光伏电站的意义主要体现在试验和环保示范效应上。以北京的个人发电用户任凯为例，一开始，国家电网公司要求任凯自费负担安装并网接入的费用，包括两个电表、一个断路器，共1.7万元。尽管最后免除，但屋顶光伏系统可不只是铺几块光伏电板那么简单。任凯装一套光伏系统包括两万元的光伏电板、一万元的逆变器，一万元的支架与施工费用，总共花了四万元。按照2013年发改委的《关于发挥价格杠杆作用促进光伏产业健康发展的通知》，分布式光伏发电项目实行按照发电量进行电价补贴的政策，电价补贴标准为每千瓦时0.42元。2013年任凯的光伏电站总共发电2705度，如果按照脱硫煤电0.42元/千瓦时的上网电价加补贴计算，在不算维修费用的情况下，大概需要20年才能收回成本。而光伏材料的使用寿命最多为25年，投资回报周期极长。
靠发电赚钱几乎没可能。个人光伏发电门槛高，在辽宁，就目前居民用电价格水平来说，只能得到上网电价以及每度电0.42元的补贴，很难靠家庭光伏电站投资赚钱
沈阳工程学院管理学院的尹健在名为《辽宁分布式光伏发电问题及对策分析》的论文中指出，从辽宁省自建且已并网的家庭光伏电站来看，投资一个中等规模的家庭光伏电站，需要投入5万元一8万元。这种电站成本回收期一般都在10年以上，最长的甚至称要20年。而专业性服务市场的缺乏也抬高了家庭光伏市场的门槛，因为光伏电站建设依靠专业技术，大多数普通居民人难以自己解决。从经验上来说，由于余电上网部分卖给电网公司只能得到脱硫煤电上网电价加0.42元(kW·h)的补贴，就目前居民用电价格水平来说，靠家庭光伏电站投资赚钱几乎没有可能性。
地方补贴是空头支票。2014年，上海市发改委提出对个人发电量补贴0.4元/千瓦时，但至今这笔限时五年的个人发电补贴仍旧未发
虽然国家发改委发布的《分布式发电项目管理暂行办法》等文件也对分布式电源接入电网和运行作了具体规定，但在分布式发电项目的备案程序、并网程序、审核办法、验收程序、技术标准、补贴发放等执行层面，尚缺少细则的支持。 上海市发改委和上海市财政局于2014年4月印发的《上海市可再生能源和新能源发展专项资金扶持办法》，提及对于风电、光伏项目，根据实际产生的电量对项目投资主体给予奖励，具体到分布式光伏中，对于个人、学校等享受优惠电价用户为0.4元/千瓦时。按照现有的政策，个人光伏补贴由3部分组成，其中国家实行的电量补贴为0.42元/千瓦时(含税)，年限20年，第二部分为上海市政府个人发电量补贴0.40元/千瓦时，年限5年，第三部分是富余电量出售予电网的补贴，以上海脱硫电价0.45元/千瓦时(含税)计算。但事实上这笔资金目前尚未到位，党纪虎表示"上海补贴的4毛钱，我们都还没有拿到，目前也还不清楚什么时候结算。"
光伏发电补贴得缴税。根据规定，国家光伏补贴不该征收增值税，但直到2014年12月31日国家光伏补贴扣增值税才被取消，之前每度电0.42元的国家补贴在扣完17%的增值税后仅剩0.359元
依据2009年《可再生能源法修正案》：国家财政设立可再生能源发展基金，资金来源包括国家财政年度安排的专项资金和依法征收的可再生能源电价附加收入等。国家光伏补贴属于政府财政性基金补贴。2013年2月国税总局发布的《关于中央财政补贴有关问题的公告》规定：纳税人取得中央财政补贴不属于增值税应税收入，不征收增值税。
作为"北京家庭屋顶电站并网发电第一人"，同时又是屋顶光伏行业的业内人士的任凯表示，每度电的国家补贴是0.42元，扣完税(17%增值税)之后，每度电实际得到补贴0.359元。直到2014年12月31日，任凯才在微博上表示，国家发电补贴扣增值税被取消，并退还之前收取的增值税。
