五大瓶颈制约
中国是一个农业大国，生物质资源十分丰富，各种农作物每年产生秸秆6亿多吨。其中，可以作为能源使用的约4亿吨。全国林木总生物量约190亿吨，可获得量为9亿吨，可作为能源利用的总量约为3亿吨。如能有效利用，开发潜力将十分巨大，但我国生物质发电面临五大问题亟待解决。
一、最为棘手的问题是发电成本居高不下。对于这一问题，清华大学教授做了详尽的调研，调研结果显示，作为生物质发电在我国的主流发电方式：秸秆直燃发电，投资1千瓦要1万元以上，而火电厂1千瓦的建设费用是4000~5000元，生物质发电成本在每千瓦时0.8元以上，而火电发电成本是0.34元。
二、燃料的成本相对较高。国家发改委在调研中发现，一些生物质发电项目在可行报告中预测的秸秆到厂价约为每吨150元，但实际情况是，农民卖给秸秆收购站的价格就已达到150元左右，收购站再加上必要的加工费等，到厂价就达到250元以上。加之农作物秸秆收获季节性强，大量储存占地较多，并需要建设防火安全设施。在加工、堆放、装卸过程中又不可避免地发生重量和发热量的损耗，最终的秸秆入炉价格都在300元左右，并呈继续上升趋势。
三、生物质秸秆燃料在组织方面也存在困难。从理论上讲，我国每年废弃的农作物秸秆约有1亿吨，折合标准煤5000万吨，但与发达国家农场为主的农业生产方式不同，我国农业生产以农户为主，户均耕地占有面积很小，生物质资源分散、容重小、储运不方便，收集和运输需要耗费大量成本。
四、近些年，生物质发电厂项目纷纷上马，一些地方生物质发电厂的密集程度越来越大，已出现了无序建设的苗头。在苏北，生物质发电厂的燃料收集半径已经在100公里以上，有的甚至达到200公里。而据业内专家介绍，通常情况下，支撑一座电厂的燃料产区半径约为50公里，即在方圆50公里范围内的生物质燃料只能支撑一家电厂运转。2008年，由于苏北各家电厂“竞价”买燃料，稻壳、秸秆、树皮等燃料价格纷纷上涨，导致当地生物质电厂普遍亏损。
五、由于我国生物质发电在核心技术和设备方面存在着不足，生物质焚烧锅炉及燃料输送系统的技术和设备只有少数实现国产，先进技术和设备仍然依靠进口，由于长时间受限于这些因素，严重制约生物质发电行业的健康发展。
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