随着部分金太阳工程负面消息的传出，有观点认为，这种由财政资金直接补贴产业链前端的设计，从根子上就是错误的。从项目审批到补贴发放再到后期监管，任何一个环节都有可能出现财政资金流失和浪费的漏洞。而项目面临的审查和监管缺失，更是在制度设计之初就已经存在的问题。所以说，金太阳工程从一开始就应该采用度电补贴的方式。
“当时，国内分布式光伏发电项目还很少，还不具备度电补贴的条件。”王世江对以上观点并不赞同，“金太阳工程的前端补贴政策是经过多方共同讨论认证的，是根据当时的产业情况和体制机制确定的，是当时产业发展的必然选择。”他强调，两种补贴方式没有好坏之分，只有适合不适合;正是当时的前端补贴政策，为现在度电补贴政策的设想打下了基础。
“作为产业扶持政策，如果没有前端补贴，很多企业就没有这么多资金进入，金太阳工程也不会有现在的规模。”一名光伏电站项目负责人表示，“说直白点，要不是前端补贴，国内分布式光伏的发展估计早已经停滞了。”
实际上，据王世江介绍，从2009年到2011年，从最初对初始投资进行补贴，到后来对主要设备进行补贴，再到按照装机容量进行补贴，并逐年调整补贴额度;从最高一次性拨付总投资额70%的补贴，到分批次拨付补贴;从最初只有前端补贴模式，到如今可选择后端“统一上网电价”的补贴模式，金太阳工程的相关政策一直在不断调整、完善。
“金太阳工程是中国光伏产业打响的第一枪，是第一个具有可操作性的政策，发挥的作用显而易见。”赵玉文认为，“只是现在产业情况变了，政策也应做出相应的变化，变建设项目的一次性补贴为计算发电量的长期补贴，这样才能有效减少企业的短期投机行为。”
孟宪淦也认为，金太阳工程的前端补贴刺激并培育了国内光伏电站开发建设市场，这个作用发挥后，转向度电补贴也是顺理成章。
据记者多方了解，未来的补贴政策可能将同时保留前端补贴和度电补贴，金太阳工程将专项扶持硅材料提纯、控制逆变器、并网运行等关键技术产业化以及无电地区的公益性项目。目前，各部门还在对电价补贴标准、兑付管理程序等问题进行最后的磋商。正如吕锦标所说，随着相关机制的不断完善和成熟，相信金太阳示范项目将对我国光伏产业的发展起到更加积极的推动作用。
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