2012年11月底，国家发改委、电监会公布了2010年10月-2011年4月可再生能源发电项目补贴分配方案，结清两年前的欠账，但2011年5月~12月的欠账未有下文。
2012年12月19日，财政部拨付2012年可再生能源电价附加补助资金近86亿元，用于补贴2012年1月1日以来列入补贴目录内的可再生能源发电上网电量。根据分配方案，其中风力发电所占比重最高，为58.5亿元，太阳能发电获得的补助最低，仅有7.23亿元。而据测算，目前仅风电所需补贴就在200亿元以上，再加上太阳能、生物质能，86亿元远远不够，缺口巨大。
上述业内专家介绍，由于资金征收不到位、拨付不及时等原因，可再生能源补贴缺口不断扩大，已出现了“寅吃卯粮”的现象。
据不完全统计，2009年全国可再生能源电价附加补贴缺口为13亿，2010年缺口20亿，到2011年缺口已达100多亿。
目前，包括风电、光伏在内的可再生能源电费拖欠，多数都在一年半以上。
国家能源局有关官员也曾公开表示，可再生能源补贴资金缺口巨大，资金很难到位，已严重影响到了可再生能源项目的发展。
根据《可再生能源法》规定，增加可再生能源补贴标准有两个来源，一是可以向中央财政申请专项资金，二是根据可再生能源开发利用中长期总量目标和开发利用规划适时调整可再生能源电价附加。
目前来看，第二种办法也就是再次调整可再生能源电费附加，其可能性较小。一是2012年才由4厘钱调整到了8厘钱，调整幅度高达100%;二是电价的上调将引发一系列的问题，在经济处于弱势的状态下，短期内采用这种做法的难度很大。
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