政府对燃料乙醇的生产和销售进行严格管制，对于生物柴油的生产，主要问题是缺乏相关的政策、标准和正常的销售渠道。而近期随着全球油价的不断下跌，生物燃料的发展更加困难，以乙醇和生物柴油为代表的生物燃料作为交通的替代燃料，目前很不乐观。
此外，目前国家对生物质的发展缺乏考虑各地的差异，而各地情况差别较大，不同地区的具体资源禀赋条件不同，同样的发展模式可能不符合当地的实际情况。由于生物质能源发展需要各方面的协调配合，以及人们生产方式的改变，短期效应不明显，地方发展的积极性不足。
尽管生物质能有种种的发展困难，但是发展生物质能是清洁发展和改变能源结构的重要一环，政府需要把眼光放得更长远些，在目前能源大环境比较疲弱的情况下，也需要提前布局，政策更有针对性和提高有效性。
加快生物质能源的发展，不仅需要相关法规体系的健全和完善，还要合理规划布局，避免重复和过度建设，保证原材料的供应。城市垃圾要增加再利用比例，节约原材料，使废弃物得到利用。还要推动加快垃圾分类的实施。垃圾发电的规划根据各地的具体情况分别考虑。
在研发投入上，增加对地方科研投入的支持力度，使各地区因地制宜，发展适合当地情况的生物质利用方式。未来需要加快发展能源植物的种植，增加在边际土地的投入，减少使用可耕地资源，避免出现与粮争地的现象。另外，要加快非粮生物质液体燃料转化的科技研发，降低成本，提高其竞争能力。
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