可再生能源基金在使用方面也存在不少问题。按照《可再生能源法》和相关规定，当年的电价附加收入补贴给当年发电上网的新能源企业。但是由于种种原因，“寅吃卯粮”现象普遍存在，再加上行政流程繁复，可再生能源电价补贴延迟发放的时间越来越长，推迟一年能拿到补贴已算“及时”。
一位业内专家透露，虽然企业的光伏电站会最终拿到国家的可再生能源补贴，“账面上虽然算是应收账款，但短期内拿不到，不足以支撑项目的现金流，很多光伏电站在2011年年底并网，幸运的2013年底才能拿到部分补贴，理论上它们有破产的风险”。
“从政策层面讲，这些问题都是不应该存在的。”孟宪淦表示，“如果严格执行可再生能源法，无论是电价附加收不上还是补贴发不下，都不可能存在。而现在问题不仅存在，而且还很严重，如果不加以解决，就算扩容基金，电价附加征收增加了，实际能收缴多少又能补助多少项目，都很让人担忧。”
“这是执行力的问题，其实根本不应该成为问题。”林伯强表示，“这惟有看政府的执行力度，政府下决心，花力气，问题马上就可以解决。”
消纳问题仍有隐忧
根据《可再生能源发展基金征收使用管理暂行办法》，可再生能源发展基金用于支持可再生能源发电和开发利用活动，基金最主要的作用便是推动可再生能源发电市场。
大规模提高可再生能源发展基金，势必推动光伏安装市场飞速发展。迅速铺开的光伏电站，是否会重蹈风电覆辙，产生大规模的并网问题？
孟宪淦表示不必过于担心。“国务院出台的六条措施中，第一条便强调加强规划和产业政策引导，促进合理布局，重点发展分布式光伏发电应用。这说明国家也很担心建成的电站发不了电只能‘晒太阳’而预先作了安排，估计在接下来的光伏市场大规模发展中，分布式将成为主流，大型电站数量将会很少。”
“国家能源局关于申报分布式光伏发电规模化应用示范区的通知已经发布，思路很明确，分布式光伏主要发展的是业主明确、利益清晰的工业开发区、工业园区等目标，做的是规模化的示范区。不必担心分布式项目不够，去年12月能源局进行过分布式光伏项目申报，从申报的数字上看，共有26个省市申报了140个示范区的分布式光伏，总装机规模达16.5吉瓦，单这就已经超出了我们的相关规划目标。”孟宪淦表示。
“但问题仍然存在。”林伯强表示，“一个事实是，目前的国内光伏安装市场靠的是补贴推动，因此国有大型电站愿意投资，但小公司愿意投入的有多少?这次太阳能安装市场的扩大，主力最终恐怕还得落到大规模电站身上。由此带来的并网问题也不容忽视，国家必须在建电站之前做好相关电网准备。”
“就算全部都是分布式光伏发电，一旦规模上去了，并网问题也会产生。”南方电网技术研究中心智能电网研究所所长董旭柱表示，“分布式的光伏发电靠近用户侧，解决了远距离输送问题，但解决不了光伏发电天然的不稳定性。”
“光伏发电不稳定，所以需要蓄能设施，比如说蓄能水池。现在国家要求所有分布式光伏发电必须上网，这是让电网充当了大家的蓄能水池。”董旭柱表示，“正常情况下，电网可以通过错峰、调控解决一些问题，但若光伏发电接入量过大，只要天空飘来一片云彩，我们本来运行很好的电网就会马上运行不稳甚至限电、断电。所以，大规模接入分布式光伏发电，并不是高枕无忧的事。”
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