可再生能源配额制与可交易绿色证书机制配套的具体做法是：政府在电力生产和销售中强制要求可再生能源发电在电力供应中必须达到的一定比例，并对相应的责任主体（电力生产商、电力零售商等）形成配额，即一定时期内必须完成的一定量的可再生能源电力生产或电量消费，否则将面临处罚。同时，政府对责任主体所完成可再生能源电力生产或电量消费进行核准，并颁发相应的绿色证书，以此凭证来与配额相匹配，未能完成配额的责任主体可以购买超额完成配额的责任主体的多余的绿色证书，来弥补其应尽的配额责任。可再生能源配额制和可交易绿色证书机制的结合，可以弥补政府对可再生能源发展补贴政策的缺陷。
首先，政府通过配额制明确了可再生能源的发展目标，并将该目标分解到相关责任方，同时以市场化绿色证书交易机制和严厉的处罚措施作为保障，能够保证实现既定的发展目标。可再生能源发展配额目标的确定非常重要，因为如果目标过低，绿色证书供给就会过多，其价格也会偏低，出售绿色证书的所得不足以补偿清洁电力的生产，这就难以鼓励清洁电力的生产。反之，如果目标过高，绿色证书供给就会偏少，其价格可能偏高，甚至超过不达标罚款，供应商宁可承受罚款，也不买绿色证书。
其次，绿色证书的价格，代表了可再生能源高于常规能源发电成本的差额，通过交易可以实现这种成本差额在整个电力行业的均摊，扭转可再生能源发电的成本劣势，提高可再生能源的市场竞争力。
再次，绿色证书的价格也反映了可再生能源的环境效益，绿色证书的购买者对环境的污染（包括温室气体排放）给社会带来了更多的负外部性，必须为此付出相应的代价，而绿色证书交易实现了这种负外部性的内在化。
最后，绿色证书的价格由市场竞争形成，可以不受政府干预，能够及时反映可再生能源发电成本的变化，更有效地支持可再生能源产业的发展。正是由于可交易绿色证书机制具备以上优越性，所以它正迅速取代传统的补贴政策，成为发达国家新能源和可再生能源发展的重要政策工具。
通常说的绿色电价机制，其长期目标就是建立配额制和绿色证书交易体系，将政府政策支持和市场机制调节有效结合。根据目前我国的可再生能源发展现状，推行可再生能源配额制度的时机应该成熟了，并进一步将其与可交易绿色证书机制配套，随着电力体制改革进程的深入，促使可再生能源逐步在经济性上参与电力市场竞争。
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