配额分配
碳排放权的初始分配分为免费、定价出售和拍卖三种方式。除了拍卖，无论是免费还是固定出售，都有一定的分配原则，主要分为两种：祖父制原则和基准线原则。目前，7个碳交易试点地区主要采用企业历史排放水平（“祖父原则”）同时辅助行业基准线法则的方法进行碳排放权的配额分配。
碳排放MRV
为保证碳交易有效运行，7个碳交易试点均建立完善的碳排放MRV机制，由指定的管理部门负责，制定监测、核查和报告的规则。每个排放主体制定监测计划，包括排放设施的具体工艺情况、监测方法和监测频率，并且获得管理部门批准。
监测由排放主体自行完成，但是上报管理部门前要经过独立第三方的核查并作出报告提交给管理部门，作为后期结算的依据。第三方独立机构要进行资质认定，由核查机构提出申请，管理部门进行审核，通过审核的机构颁发资质证书。并且定期对已经获得资质的第三方机构进行抽检，抽检不合格取消资质。
遵约及惩罚机制
7个碳交易试点都制定了严格的惩罚措施，除了规定高昂的罚款金额外，不少试点都要求没有完成减排目标的主体第二年进行弥补，弥补的程度各不相同。这样做的目的是为了避免企业逃避责任，影响总量控制的目标。同时，在每年规定期限前，排放主体必须将该年经核证的二氧化碳排放量与其拥有的排放权进行结算，结算后注销。超额排放的排放主体可以到市场上购买不足的排放权，否则将受到惩罚，罚款金额高于市场购买排放权的成本，同时上一年未完成的减排量要加入第二年的减排目标中。
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