归纳当前光伏农业面临的主要困扰有以下几方面：
第一，土地威胁论
光伏投资商开始专注于光伏农业，很大程度上来源于光伏项目对土地的制约，而与农业结合恰好在不改变土地用途的基础上，可以解决光伏用地问题，使得光伏农业项目最开始出现由光伏企业驱动，农业企业被动接受的局面。随着光伏农业项目的增多，农业领域专家感受到了土地危机，担心用地会被光伏企业蚕食。国家层面也开始关注农业跨领域用地问题，先后下发了《国土资源部、农业部《关于进一步支持设施农业健康发展的通知》》、《农业部、中央农办、国土资源部、国家工商总局《关于加强对工商资本租赁农地监管和风险防范的意见》》，对光伏农业项目用地进行了规范。
第二，农业不利影响说
光伏农业诞生之初，孰轻孰重一直争论不休，光伏与农业谁是基础谁是附属定论难分。有声音说光伏进入农业领域掺和势必影响农业正常生产，使农业减产，增加设计、建造、维护成本，同时，由于光伏电池组件的遮光，对适应种植的作物要求更加苛刻，这些都影响了正常的农业生产。
第三，光伏组件效率降低
除了农业减产的忧虑之外，光伏行业的投资商本身也有担心：一是与农业结合后，在相同面积的情况下，在棚顶透光率的要求下，组件的排布组数容量降低，影响总装机容量；二是如果采用棚顶安装，是否能采用组件最佳倾角，板下额外要增加散热技术措施等，势必也会影响项目总发电量，使光伏组件的效率降低。
第四，项目执行跨行业
光伏农业涉及两个行业的相互融合，从项目前期开始，农业、光伏项目的前期审批流程不同、补贴政策不同、项目设计需要两个专业领域的相互协调、兼容、利益最大化的考虑，如果农业与光伏的投资主体不同，还涉及到利益平衡。
第五，维护运营有争论
光伏农业项目顺利建成了，后续运营目前也没有成熟的经验。这是许多投资方担心的问题。因为不管是光伏投资商还是农业投资商，都存在跨界问题，光伏企业不懂农业，农业企业不懂光伏，二者都担心产生问题扯皮，在运营问题上多少都有些无所适从。目前以投资商投资后企业即运营光伏电站又管理农业的方式为多。
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