锯切打磨清洗，需强腐蚀性物质帮忙
但污染并非只到多晶硅就停止，从多晶硅到真正的太阳能电池还需要透过长晶炉生成晶棒，再切割成晶圆或芯片，这些过程都需要危险的化学物质来处理，例如制造商需要用氢氟酸（hydrofluoricacid）来清洗晶圆，除去因锯切所受到的伤害，或是磨平晶圆表面，以增加聚光能力。但氢氟酸是一种具有强烈腐蚀性的物质，就如武侠小说中的“化骨水”，若接触到未受保护的工人，会破坏人体组织并侵蚀骨头，因此必须妥善处理。
氢氟酸污染问题也层出不穷，但这个威胁也有机会解决，罗门哈斯电子材料（Rohm&HaasElectronicMaterials）已确认能用氢氧化纳取代氢氟酸，氢氧化纳虽然也具有腐蚀性，但较容易处理，对操作者而言危险性也较低。
薄膜太阳能电池，有重金属问题
目前超过90%的太阳能电池使用多晶硅，然而近几年多晶硅材料出现短缺，使得部分业者转向投入薄膜太阳能电池，它的优势在于制造成本更低，使用的能源与材料更少，未来若转换率能进一步提升，有望与多晶硅相匹敌。除了上述的优点，薄膜太阳能电池可在价格低廉的玻璃、塑胶或不锈钢基板上蒸镀非晶矽薄膜，而不需从矽晶棒切割而来，因此产生的废弃物较少，也无须使用复杂的电弧炉，但这不代表薄膜太阳能电池不会造成环境污染。
薄膜太阳能电池的主要技术以非晶矽（a-Si）太阳能电池为最大宗，碲化镉（CdTe）太阳电池产量成长最快，铜铟镓硒（CIGS）太阳能电池则深具成长潜力，其中碲化镉太阳电池由五层结构组成，其中一层为硫化镉（CdS），另一层为碲化镉（CdTe）；铜铟镓硒（CIGS）太阳能电池主要材料为铜铟镓硒，但也含有硫化镉，这两种电池都使用重金属镉的化合物，它是恶名昭彰的致癌物质，长期暴露可能导致肾脏疾病、肺损伤与骨骼脆弱。
一些制造商如总部设在亚利桑纳州的FirstSolar（第一太阳能），对于工人的安全维护措施就做得很完善，但对那些从事开采或提炼等早期阶段的工人，相关的安全讯息就很少；另外弃置的太阳能电池也是问题，若没有妥善的回收机制，会增加镉暴露的风险，对此许多大厂都做的不错，如FirstSolar的预付回收系统（prefunded take-back system），但回收计划并没有提供给全部的使用者，甚至许多人根本没意识到太阳能电池需要回收。
减少镉危害的方式就是尽量少用无镉产品。目前有两个铜铟镓硒制造商Avancis和SolarFrontier，以对环境较友善的材料硫化锌取代硫化镉；英国布里斯托大学（University of Bristol）和巴斯大学（University of Bath）、加州柏克莱大学也正尝试发展薄膜太阳能电池，另外FirstSolar也逐渐减少镉在太阳能电池的使用量。
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